La idea imagino que debería poder funcionar con cualquier gestor de descargas que permita ejecutar un script al finalizar todas las descargas.
Primero, crea el script y dale permisos de ejecución:
echo "#!bash gnome-session-quit --power-off" > ~/Documentos/configuracion-linux/apagar.sh chmod u+x ~/Documentos/configuracion-linux/apagar.sh
Ahora abre Transmission y ve a Editar > Preferencias > Downloading, marca la casilla Llamar a script cuando se completan los torrents, y selecciona el apagar.sh que has creado antes.
Si además quieres que esta configuración se quite antes de apagar, coloca esto antes de la linea correspondiente en el fichero apagar.sh.
sed --in-place 's/"script-torrent-done-enabled": true/"script-torrent-done-enabled": false/' ~/.config/transmission/settings.json
Es algo salchichero, pero funciona.