Da igual cuántas veces lo intentes y reinicies, Fedora insiste en que tienes un teclado inglés, pero no es así.
Para solucionarlo una vez:
$ sudo loadkeys es
Lo de "es" significa "español". Para solucionarlo permanentemente:
$ system-config-language
Esta última solución requiere interfaz gráfica y permisos de root. Ahí eliges tu distribución de teclado, y arreando.
Editado: La solución permanente no funciona. Ver bug 952070.