Estaba buscándolo para GNUCash y resulta la solución funciona en cualquier aplicación GNOME, como Gedit y otras.
Simplemente ejecuta en una terminal:
$ gsettings set org.gnome.desktop.interface can-change-accels true
Ahora, cuando estés moviendo el ratón sobre una de las opciones del menú, pulsa cualquier combinación de teclas y quedará mágicamente asignada a esa acción.