Solución

  1. Crea el fichero ~/.local/share/applications/xdg-open.desktop con el siguiente contenido: 
    [Desktop Entry]
Name=XDG Open
Comment=Open with default app
Comment[es]=Abrir con la aplicación por defecto
Exec=xdg-open
Terminal=false
Type=Application
  2. Edita el fichero ~/.local/share/applications/mimeapps.list.
  3. Busca la línea que pone application/octet-stream=gedit.desktop; y cámbiala por application/octet-stream=xdg-open.desktop;.

Explicación

Firefox no detectaba correctamente el tipo de fichero. Realmente, esto es problema del sitio web del que lo descargas, que no indica correctamente su Content-Type (MIME Type).

Como consecuencia, Firefox, en lugar de usar algún método inteligente para averiguar el contenido del fichero, usa el programa que use tu sistema operativo para abrir ficheros desconocidos, o sea el que esté indicado para el MIME application/octet-stream (fichero binario genérico). En GNOME, dicha aplicación es Gedit. Como resultado, da la impresión de que Firefox quiere abrir todo con Gedit.

Sin embargo, el comando xdg-open es un programa que abre cualquier fichero intentando detectar automáticamente su MIME antes de abrirlo. Al aplicar la solución, forzamos al sistema a tratar de averiguar el MIME cuando no se le dice explícitamente, lo cual funcionará bien en la mayoría de los casos.