Cómo salir tras terminar un comando que ya se está ejecutando

Ctrl+Z al rescate

Cuando pulsamos Ctrl+Z, nuestro terminal pausará el comando que se estaba ejecutando (con la señal SIGTSTP). A continuación, podemos usar el comando bg para continuar el proceso en segundo plano, o fg para continuarlo en primer plano.

Así es que para solucionar el problema que decía al principio, pulsarías Ctrl+Z y a continuación ejecutarías:

$ fg; systemctl poweroff

Y ya puedes irte tranquilo, que tu ordenador se apagará cuando termine de actualizarse.

¡Ah! Y funciona tanto en Bash como en Fish (y supongo que en cualquier otra shell).